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Die Sintflut bot auch ein Erklärungsmuster für die versteinerten Tiere und Pflanzen an, die man selbst auf Bergen und weitab von jedem Gewässer fand. Ursprünglich wurden diese Fossilien nicht als Versteinerungen, sondern als Spiele der Natur (lat. lusi naturae) angesehen. Auch das Vorhandensein von Sedimentschichten über dem Meeresspiegel, deren Entstehung durch Wasser schon damals gemutmaßt wurde, konnte so erklärt werden.

Auch der Pietist Friedrich Christian Lesser (1692–1754) war ein herausragender Vertreter der Physikotheologie und stand den Halleschen Pietisten nahe. Lesser hatte in Leipzig und Halle Theologie studiert, und war als Schüler von August Hermann Francke pietistisch geprägt. Ab 1715 war Lesser Pfarrer in seiner Heimatstadt Nordhausen. Dort begann er eine eigene Naturaliensammlung anzulegen, deren Schwerpunkt Mineralien und Fossilien bildeten. Das Porträt zeigt ihn vor einem Schrank seiner Sammlung.

Lessers Hauptwerk, die Lithotheologie, fasst als Enzyklopädie des Steinreichs das mineralogisch-geologische Wissen der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts zusammen. Es beschreibt nicht nur die Eigenschaften der Steine, sondern auch deren Bedeutung für Menschen, Tiere und Pflanzen. Zudem behandelt es ihren Nutzen für die Menschen in Geschichte und Gegenwart und geht auf die in der Bibel überlieferten Wunder im Zusammenhang mit Steinen ein. Lesser selbst verstand sein Werk als theologische Abhandlung, anhand derer das Phänomen der Steine vor allem innerlich-seelisch erfasst werden sollte.

Die These, dass diese Tiere und Pflanzen in fernen Weltgegenden existieren und man sie nur noch nicht entdeckt hatte, vertrat auch der Querfurter Theologe und Diakon David Sigismund Büttner (1660–1719). Im Umfeld des Halleschen Pietismus war er es, der sich am intensivsten mit paläontologischen Phänomenen auseinandersetzte. Er korrespondierte mit August Hermann Francke und sandte diesem eine Vielzahl an Objekten für das Naturalienkabinett des Waisenhauses zu. Sein Hauptwerk über die »Sündfluth« sollte »der natürlichen Erkenntnis Gottes und seiner Creatur« dienen.

Der Gemmiweg von Leukerbad zum Gemmipass in der Schweiz, Kupferstich in: David Sigismund Büttner: Rudera Diluvii Testes, i. e. Zeichen und Zeugen der Sündfluth/ In Ansehung des itzigen Zustandes unserer Erd- und Wasser-Kugel/ Insonderheit der darinnen vielfältig auch zeither in Querfurtischen Revier Unterschiedlich angetroffenen/ ehemals verschwemten Thiere und Gewächse […]. Leipzig: Braun, 1710, Tab. VI und VII. Halle, Franckesche Stiftungen: BFSt

In Halle selbst war es Johann Joachim Lange, der Sohn eines der engsten Vertrauten von August Hermann Francke, der sich mit mineralogisch-geologischen und bergbautechnischen Fragen auseinandersetzte. 1723 hatte er einen Lehrstuhl für Mathematik an der hallischen Universität erhalten, jedoch soll er sich eher mit naturkundlichen Fragen beschäftigt haben. In seinem Umfeld erschien die erste, hier ausgestellte Doktorarbeit über die Geologie der Region um Halle. Der Autor Johann Jakob Lerche interessierte sich dabei vor allem für die wirtschaftlich nützlichen Ressourcen im Boden.

Für das Nützlichkeitsdenken Langes und der Pietisten steht hier das Stück Steinkohle. Seit Beginn des 18. Jahrhunderts begann Steinkohle, das immer knapper und teurer werdende Holz beziehungsweise Holzkohle als Brennstoff beim Salzsieden in Halle zu ersetzen. Diese Steinkohle wurde in Bergwerken bei Wettin und Löbejün, nördlich von Halle, abgebaut. Gerade die ökonomisch-kameralistische Literatur aus dem Umfeld des Halleschen Pietismus betonte immer wieder deren Nutzen für die Wirtschaft der Stadt.

Lange hat sich auch mit Fragen der mineralogischen Systematik beschäftigt. Auslöser dafür war das berühmte Werk Systema Naturae des schwedischen Naturkundlers Carl von Linné (1707–1778) von 1735, in dem dieser erstmals eine einheitliche Systematik hierarchischer Ordnungskategorien für alle »Drey Reiche der Natur« entwickelt. Johann Joachim Lange hat sich sehr intensiv mit Linnés Systematik auseinandergesetzt und sie auch an der Universität gelehrt. Sein wohl bekanntestes und einflussreichstes Werk war die Herausgabe des Systema Naturae in lateinischer und deutscher Sprache, für lange Jahre die einzige deutsche Übersetzung dieses Grundlagenwerks.

Der Kupferstecher, Maler und Naturkundler Gottfried August Gründler (1710–1775) hatte 1740 zusammen mit Johann Joachim Lange die deutsche Fassung von Linnés Systema Naturae herausgegeben. Parallel dazu hatte er das Linnésche System schon bei der Neuordnung der Kunst- und Naturalienkammer der Glauchaschen Anstalten zur Anwendung gebracht, auch bei der Ordnung der Mineraliensammlung. Für diese Erdgeschichte des hallischen Medizinprofessors Krüger (1715–1759) fertigte er Kupferstiche an. Auch dieses Werk steht in der physikotheologischen Tradition der Naturkunde zum Preise Gottes.